例えば、5枚のカードがあるとして、単純に乱数を使うとカードが重複してしまいます。
そのため順番にすべてのカードを他のカードと差し替えていく必要があります。
差し替えるという考え方で、カードの重複を避けられます。

乱数発生の関数はMath.random() 関数を使用します。また、数値の範囲を決める場合も決まった構文があります。
たとえば1～10までの間で乱数を発生しさせたい場合は、下記の関数へgetRandomNumber(1, 10.)と引数を送ります。

function getRandomNumber(min, max) {
  return Math.floor(Math.random() * (max - min + 1)) + min;
}

たとえば5枚組のカードの3番目を他のカードと差し替えるため乱数を生成したとします。
その場合5分の1の確率で同じ順番がでます。それだと意味がないので、同じ順番が出た場合は、違う数値が生成されるまで乱数を生成する仕組みが必要です。下記がそのスクリプトになります。違う数値が生成されるまで乱数の生成を繰り返します。

do {
	r = getRandomNumber(1, cardsCount); // 1からカード総数（1, cardsCount）の範囲でランダムな数を生成
} while (r == d);//ｄは処理中のカードの順番

『javascript,シャッフル』で調べるとよくあるのは、配列を順番に他のカードと差し替えるところは同じですが、カードを重複させないために、差し替えるカードの数がどんどん減少していくロジックが多いです。
これだと最初の方のカードは差し替える対象が50枚とかなのに、最後の方のカードになると残り一枚とだけ差し替えることになりこれじゃあシャッフルじゃあありませんね。
なので常にすべてのカードを対象にし、ランダムに差し替えるようにしました。

カード5枚のシャッフルスクリプトになります。

const i={
	cards: ['mja1.jpg','mja2.jpg','mja3.jpg','mja4.jpg','mja5.jpg'],
	_data: [],
	get data(){return this._data},
	set data(v){this._data= v},
	newArray: [],
	limit: 3,
	n: 0
};
	
function setCard(i){
	i.data= [];
	i.newArray.forEach(function(v){
		i.data.push(`<div><img src="/assets/labo/shuffle/images/${v}" alt="${v}"></div>`)
	});
	container.innerHTML = i.data.join('');
}

function getRandomNumber(min, max) {
  return Math.floor(Math.random() * (max - min + 1)) + min;
}

function shuffle(i) {
	const container= document.querySelector('#container');
	let d = i.cards.length;
	const cardsCount= d - 1;
	let r;
	
	while (d) {
		--d;
		do {
			r = getRandomNumber(1, cardsCount); // 1からカード総数の範囲でランダムな数を生成
			console.log(`IN: ${d} : ${r}`);
		} while (r == d);
		const t = i.cards[d];
		i.cards[d] = i.cards[r];
		i.cards[r] = t;/*ここで初期値カードとランダムカードを入れ替える*/
		console.log(i.cards);
		i.newArray= i.cards;
	}
	setCard(i);
}

上記のサンプルへシャッフルを複数回可能なように設定追加。
その場合、配列初期値を一番最後の配列で上書きするように設定。
この設定を入れないと、せっかく複数回シャッフルしても一番最初の配列が1～5に毎回もどってしまうため。

カードをシャッフルするスクリプト：
https://labo.studio-happyvalley.com/shuffle/

コンソールログは下記のように出力されました。

1行目：処理される前の配列：順番通りに1～5まで整列しています。
処理は最後から一枚づつ順番に処理されます。
Array(5) [ "mja1.jpg", "mja2.jpg", "mja3.jpg", "mja4.jpg", "mja5.jpg" ]

2行目：一回目の差し替え処理。上の最後の"mja5.jpg" を差し替えるため乱数を生成します。
『IN: 4 : 1』の4は処理対象のカードの順番。1は生成された乱数です。
配列は0から始まるのでそれぞれ1を足した数値が順番になります。
つまり下記は初期状態の5番目のカードを2番目のカードと差し替えたことになります。
IN: 4 : 1
Array(5) [ "mja1.jpg", "mja5.jpg", "mja3.jpg", "mja4.jpg", "mja2.jpg" ]

次の処理：4番目のカードを2番目のカードと差し替え
IN: 3 : 1
Array(5) [ "mja1.jpg", "mja4.jpg", "mja3.jpg", "mja5.jpg", "mja2.jpg" ]

同様
IN: 2 : 1
Array(5) [ "mja1.jpg", "mja3.jpg", "mja4.jpg", "mja5.jpg", "mja2.jpg" ]

下記の場合、処理対象の順番と入れ替えたいカードの順番が同じだったため、変わるまで乱数を生成しています。
IN: 1 : 1
IN: 1 : 3
Array(5) [ "mja1.jpg", "mja5.jpg", "mja4.jpg", "mja3.jpg", "mja2.jpg" ]

同様
IN: 0 : 2
Array(5) [ "mja4.jpg", "mja5.jpg", "mja1.jpg", "mja3.jpg", "mja2.jpg" ]

というわけで想定通りの動作を確認。

シャッフルとカードめくりを組み合わせた実装サンプルです。タロットのケルト十字占法の配置にカードを展開します。

シャッフルを応用したWeb Tarot：
https://labo.studio-happyvalley.com/webtarot/